A través de la opción Utilidades > Configuración se accede al menú donde se permite configurar los parámetros que afectan a la mayoría de los comandos del programa. Si bien sus valores están diseñados para que no sea precisa su modificación en la mayoría de los casos, es posible hacerlo para adaptar la aplicación a las costumbres y necesidades del usuario. En este manual se presentan estos valores entre paréntesis.
Todos estos valores se almacenan en el registro de sistema de Windows, por tanto su modificación sólo es posible a través de este menú. Los usuarios avanzados también podrían emplear el programa REGEDIT del sistema operativo.
Adicionalmente disponemos de un comando a través del cual podremos modificar cualquiera de las variables de configuración del programa. Este comando no se encuentra disponible en el menú del programa y para iniciarlo debemos de ejecutar el comando mdt8_conf_todo, apareciendo la siguiente ventana desde la cual se podrá realizar cualquier modificación de las variables.